Die malakologische Sammlung, die heute etwa 360 000 Einzelexemplare umfasst, basiert auf den Sammlungen des Apothekers, Privatgelehrten und Museumsgründers Carl Theodor Löbbecke (1821-1901). Sie enthält Schalen von Muscheln, Schnecken und Kopffüßern (weltweite wie auch regionale Fundorte; marin, limnisch und auch terrestrisch). Löbbecke sammelte nicht ausschließlich selbst, sondern kaufte große Sammlungen auf, wodurch es sich bei der ‚Löbbecke-Sammlung‘ eigentlich um eine Zusammenstellung mehrerer Privatsammlungen handelt (u. a. Dr. Carl Emil Lischke aus Elberfeld, Konsul Erich Christian Ludwig Gruner aus Bremen, Voorhoeve-Scheepmaker aus Rotterdam, H. C. Roeters van Lennep aus Twello bei Deventer, Dr. C. Dalen aus Rotterdam, Peter Wilhelm Ludwig Döring aus Bochum, einschließlich des zugehörigen handgemalten Kataloges aus der Hand des Arztes und Naturwissenschaftlers Dr. Carl Arnold Kortum aus Bochum).