Dementsprechend ergriff Hans Pfitzner in der Zeit des Nationalsozialismus wiederholt Partei für jüdische Freunde und Bekannte. Gleichwohl sah er keine Veranlassung, die antisemitische Politik des NS-Regimes zu kritisieren, und bezeichnete sich 1933 sogar als ihr ideologischer Vordenker: „Ich habe Zeit meines Lebens in diese Kerbe gehauen, die heute als theoretische Voraussetzung der nationalsozialistischen Weltanschauung gilt."
Mit der Machtergreifung der Nationalsozialisten erwartete der sowohl in Kunst- als auch in Gesellschaftsfragen reaktionär eingestellte Pfitzner eine entsprechende Würdigung seiner Musik. Um sein Ansehen zu steigern, unterstützte er öffentlichkeitswirksam die Ziele der NSDAP. So warb er 1934 für die Vereinigung des Reichskanzler- und Reichspräsidentenamtes, lobte anlässlich der Reichstagswahl 1936 „das [sic] unsterbliche Verdienst unseres Führers Adolf Hitler“ und trat 1938 für den „Anschluss“ Österreichs ein. 170 Darüber hinaus bewies Pfitzner seine Loyalität zum Regime, indem er seine Kompositionen gemäß der faschistischen Gesinnung inszenierte und diese auch im besetzten Ausland aufführte. Mit Hans Frank, dem berüchtigten Generalgouverneur von Polen, verband ihn ein freundschaftliches Verhältnis; ihm widmete der Komponist eines seiner Werke und bekräftigte 1946 seine Verbundenheit mit dem verurteilten Kriegsverbrecher.
Durch seine Ernennung zum Senator der Reichskulturkammer im Jahr 1936 erlangte Hans Pfitzner keinen größeren Einfluss, da das Amt primär repräsentativen Zwecken diente. Darüber hinaus honorierten die Nationalsozialisten seinen Einsatz mit zahlreichen Kulturpreisen und nahmen ihn 1944 in die „Sonderliste der drei wichtigsten Musiker des Dritten Reiches“ auf; im gleichen Jahr erhielt er auf Geheiß Adolf Hitlers eine Dotation von 50.000 Reichsmark.
Im Zuge des nach Kriegsende eingeleiteten Entnazifizierungsverfahrens wurden die Werke des Komponisten kurzzeitig mit einem Aufführungsverbot belegt und die Einnahmen aus seinen Urheberrechten gesperrt. Trotz seiner Unterstützung für das NS-Regime und seines daraus resultierenden Profits konnte Pfitzner - auch durch die Hilfe von Entlastungszeugen - einen Freispruch erreichen und wurde von der Spruchkammer in München als „vom Gesetz nicht betroffen“ eingestuft.
Seine im Jahr 1945 verfasste „Glosse zum II. Weltkrieg“ offenbart jedoch ein Weltbild, das an den Zielen des Nationalsozialismus festhielt und diese ausdrücklich befürwortete: „Das Weltjudentum ist ein Problem und zwar ein Rassenproblem, aber nicht nur ein solches, und es wird noch einmal aufgegriffen werden, wobei man sich Hitlers erinnern wird und ihn anders sehen, als jetzt […] Also nicht das ‚Warum‘ ist ihm vorzuwerfen, […] sondern nur das ‚wie‘ er die Aufgabe angefasst hat […].“